En 1994 llegó el retiro para Maqui, quien sin embargo decidió seguir ligado al mundo del deporte pero ahora como médico. Se recibió primero de traumatólogo y luego se especializó en ortopedia y medicina deportiva. Trabajó en el CENARD, donde llegó a ser jefe del área de traumatología, y en 1996 fue convocado por Eduardo Bengoechea para comenzar a trabajar junto a los equipos de Copa Davis. Su primera experiencia fue en 1996 cuando Argentina, entonces lejos del Grupo Mundial, el máximo rango de los equipos de Copa Davis, venció 4 a 1 a Bahamas por el Grupo Americano.

Desde entonces nunca se alejó de la Davis en su rol de médico. Javier Maquirriaín tiene una sed inagotable en el marco del estudio de la medicina. Entre 2011 y 2015 fue presidente de la sociedad dedicada al estudio de la ciencia en el tenis y entre 2012 y 2014 presidió la Fundación Nixus. Maqui es la máxima eminencia en el área de medicina de la AAT y su nombre es respetado por todo aquel que pasa, aunque más no sea un segundo, por el mundo del tenis.En octubre pasado, casi como una ironía del camino que recorren las personas, a Javier Maquirriaín se le detectó un tumor en la parte posterior del cerebro y debió ser operado. Hoy, el profesional no pudo estar físicamente en la hora más gloriosa de la historia del tenis argentino, con la consagración en la Copa Davis, pero los jugadores y todo el cuerpo técnico del equipo nacional encabezado afuera por Daniel Orsanic y adentro por Juan Martín del Potro, hicieron flamear una bandera con su nombre y otra con su apodo y la palabra "Fuerza" y, así, estuvo más presente que nunca.